学院自成立以来一直重视学科建设与专业建设。通过搭建平台、引进人才、加强自身建设等方式提高学院的学科建设和专业建设水平。学科建设与专业建设促进了人才培养层次和质量的提升，目前学院具有博士、硕士、学生三个人才培养层次。

学院现有民族生态学博士学位点，设立了4个研究方向：即生物多样性与民族传统知识保护、民族地区生物资源利用、民族地区植物生态学、民族地区可持续发展。

学院现有生态学、生物学、环境科学与工程3个硕士一级学科。生态学学科设立了4个研究方向：保护生物学、植物生态学、景观生态学、民族生态学。生物学学科设立了5个研究方向：植物学、动物学、生物化学与分子生物学、生物学物理学、神经生物学。环境科学与工程设立了5个研究方向：环境管理与规划、环境分析化学、环境污染化学、水污染控制工程、水环境模拟与评价。其中生态学、环境科学与工程、民族生态学是省部级重点学科。

学院现有7个本科专业：生物科学、生物技术、生态学、环境科学、环境科学与工程、化学、制药工程；其中生态学为国家级特色专业，环境科学与工程是教育部立项的新工科建设专业。

2018年，根据学校的学科调整方案，学院确定了以生态学学科发展为主流，继续建设环境科学与工程、生物学学科，依托校级平台建设交叉学科的工作思路，组建了植物生态学、生态系统生态学、可持续生态学、民族生态学、环境科学与工程、生物学、生物成像与系统生物学、转化神经科学等8个科研创新团队。